Os mecanismos imunes num animal variam durante a vida, com possível redução ou perda temporária da imunidade protetora frente a novas cepas com virulência maior ou menor, em condições de estresse, alterações de dieta, e em imunossuprimidos ( por tratamentos com corticóides ou por doença).
Temos ainda que considerar fatores ambientais favoráveis ou desfavoráveis. Os cistos resistem melhor em águas de temperaturas frias e em locais úmidos com baixa insolação permanecendo até por meses no ambiente. Nós veterinários, ao preconizarmos medidas de manejo e desinfecção, devemos estudar as alternativas aplicáveis no local. Por exemplo, para cães e gatos a remoção de fezes deve ser intensificada. Se há cobertura vegetal, além de dificultar a remoção de fezes, o uso de desinfetantes quaternários ( por 20-30 minutos) e de vapor ou água fervente utilizados facilmente em pisos frios, são medidas impossíveis. Longe de destruirmos todos os jardins devemos, então, considerar estas áreas como sendo de risco, com acesso restrito ou impedido por 30 dias. Em eqüinos e ruminantes, teremos que nos valer de rotação de pastagens (30 dias sem pastejo), limpeza de comedouros e bebedouros e controle da qualidade da água.
Se os cistos resistem e ganham a via oral atingem o trato gastrointestinal, alguns driblam o sistema imune e chegam ao intestino delgado onde desencistam. Cada cisto maduro libera 2 trofozoítas que rapidamente se duplicam em muitos e aderem às células epiteliais da mucosa, vão se alimentando e se dividindo sucessivamente, com isso interferem na absorção de nutrientes, notadamente de gorduras. Fezes típicas são descritas como claras, untuosas e amolecidas. Se o trânsito intestinal for muito rápido e tivermos fezes líquidas, os trofozoítas que se desprendem da mucosa podem ser visualizados logo após a eliminação e a assim que chegam ao ambiente começam a encistar. No caso de trânsito mais lento, esses têm tempo de se encistarem e são visualizados como cistos. Por vezes temos fezes com estrias de sangue e muco intenso, sinais de irritação do intestino grosso, embora as giardias não colonizem essa porção do trato. Falamos muito em diarréia, episódios de emese, mas que na giardíase podemos também ter períodos de constipação. Havendo a suspeita, ou para triar animais portadores, a visualização dos trofozoítas e cistos em exames coproparasitológicos seriados ainda é a forma mais barata de se fazer o diagnóstico. O hemograma não é instrumento de grande auxílio, pois raramente ocorre discreta eosinofilia e/ou anemia moderada. O intercâmbio de informações entre o clínico e o laboratório pode ser importante para o estabelecimento de parâmetros que balizem o controle desse parasita em um indivíduo ou em criações animais